Ровно 320 лет назад она была создана при Гродненском монастыре иезуитов и на протяжении всего своего существования, обеспечивала жителей областного центра лекарствами.
В Беларуси ещё и не знакомы были с понятием "фармацевт", когда в 1687 году монахи-иезуиты открыли свою аптеку в Гродно, а XVIII веке она заявила о себе. Здесь проводили опыты учащиеся первой на территории Беларуси медицинской академии. Сегодня экспонаты музея хранят память о многих открытиях, сделанных в ту пору.
В Гродно у нас проходило первое вскрытие тела на территории Восточной
Европы. Вскрывали тело короля Стефана Батория. Именно он призвал иезуитов в Гродно. Они были лучшими учёными и аптекарями в то время.
За свою трёхвековую историю гродненская аптека не утратила звания образцовой. Даже в годы войны, когда все учреждения закрылись, она продолжала работать. В 50-е годы здесь сделали аптечный склад, потом - салон мебели. Самое печальное, что содержимое - древнейшая мебель, посуда - всё сюда было вывезено.
Вновь действовать по назначению старинная иезуитская аптека начала только в 1996 году. В это же время энтузиасты стали собирать и музейный фонд. Сегодня здесь совершенно бесплатно уже можно увидеть фрагменты средневековых торговых залов, растительную лабораторию и ценные аптечные экспонаты. Уникальность такому музею придаёт и тот факт, что, ознакомившись с историческими экспонатами, в соседнем зале посетитель может приобрести и вполне современные лекарства.